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三代測序及三維基因組技術在農學領域的研究應用

聯系人:沈丹宇聯系方式:84395325發布時間:2019-10-16


主題:三代測序及三維基因組技術在農學領域的研究應用

時間:2019年10月17日(周四)上午9:30-11:00

地點:南京農業大學理科樓C303

主辦單位:植保學院科研實驗中心

協辦單位:菲沙基因公司


    隨著生物基因組測序技術的高速發展,測得的DNA序列數據也飛速增漲,促進了生物信息學領域相關研究方向的深入開展。

    三維基因組學是以研究真核生物核內基因組空間構象,及其對不同基因轉錄調控的生物學效應為主要研究內容的一個新的學科方向,它研究重點是空間構象與基因轉錄調控間的關系。通過三維基因組學技術,能對基因組的折疊和空間構象、轉錄調控機制、復雜生物學性狀、信號傳導通路和基因組的運行機制等一系列重要問題進行更深入的探討和研究。 

    為了能捕獲全基因組范圍的染色質相互作用,2009年美國Job Dekker研究團隊首次開發出了Hi-C(High-through chromosome conformation capture)技術。其是基于將線性距離遠、空間結構近的 DNA 片段進行交聯,并將交聯的 DNA 片段富集,接著進行高通量測序,對測序數據分析可以揭示染色質的遠程相互作用,從而推導出基因組的三維空間結構和可能的基因之間的調控關系。應用方向如:植物抗逆、抗病、農藝性狀形成過程中的調控機制;細胞生長發育或分化的調控機制研究;細菌、真菌等微生物耐藥、致病、代謝產物調控機制等。

    ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是美國Stanford大學的William Greenleaf教授在2013年所研發的一種全新方法,利用DNA轉座酶結合高通量測序技術,來研究染色體的可進入性,該技術通過轉座酶對某種特定時空下開放的核染色質區域進行切割,進而獲得在該特定時空下基因組中所有活躍轉錄的調控序列,分析調控元件。

   本次講座對當前二代、三代測序平臺概述;并著重對三維基因組學技術手段Hi-C、ATAC-seq進行介紹及應用案例分享。


歡迎老師和同學踴躍參加!


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